Todas as lâminas são coradas incialmente por H&E ou Papanicolaou. Contudo, em algumas situações podem ser necessárias colorações por outras técnicas, as chamadas Colorações específicas ou Histoquímica. Essas técnicas visam ressaltar componentes do tecido (reticulina, Masson), pigmentos (Perls) ou identificar agentes patogênicos, como BAAR (Ziehl-Neelsen), fungos (Grocott, PAS), Helicobacter pylori (Giemsa), entre outros.